在win95或win98系统中，注册表的组成从物理上来讲，实际上是由两个分别名为user.dat及system.dat的具有隐藏只读属性的二进制系统文件。在system.dat文件中保存有计算机上现有安装软件的信息，已发现的硬件以及其配置信息。User.dat则了保存与用户相关的信息，包括个性化设置（包含颜色，显示属性，鼠标，字体等等）访问性设置、国家区域设置等。
而在最新的Win2000系统中情况则有所不同
(以下分割符内的内容，摘自《Windows2000注册表的备份与恢复》一文 作者：不详 )
同Windows 9X一样，Windows 2000的注册表也分为两个部分，但包括多个文件，其中用户配置文件保存在根目录“Documents and Settings”下用户名的目录中，包括两个隐藏文件：NTUSER.DAT、NTUSER.INI及ntuser.dat.LOG日志文件。系统配置文件位于Windows 2000系统目录下的“SYSTEM32CONFIG”中，包括DEFAULT、SOFTWARE、SYSTEM、AppEvent.Evt、SecEvent.Evt、SysEvent.Evt等多个隐藏文件及其相应的.LOG（日志）文件和.SAV文件。这些注册表文件在Windows 2000运行时无法使用其它工具打开，这一点与Windows 9X下的system.dat及user.dat不同。
